Tiền thân của trường là Cao đẳng Y khoa Vua Edward VII thành lập năm 1905 và Cao đẳng Raffles năm 1929. Trường đại học Malaya được thành lập ngày 8 tháng 10 năm 1949 để giáo dục đào tạo bậc đại học cho Malaysia và Singapore. Trường đã nhanh chóng phát triển trong thập niên đầu sau khi thành lập và đã lập hai phân hiệu riêng năm 1959, một ở Singapore (sau này thành Đại học Quốc gia Singapore) và một ở Kuala Lumpur (với tên gọi là Đại học Malaya).

Năm 1960, chính quyền của hai lãnh thổ đã biểu thị mong muốn thay đổi tư cách của hai phân hiệu này để lập một đại học quốc gia. Người ta đã thông qua luật năm 1961 thành lập Đại học Malaya ngày 1 tháng 1 năm 1962. Đại học Malaya xếp hạng 89 năm 2004 và rơi xuống 169 năm 2005 trong số các đại học tốt nhất thế giới theo đánh giá của The Times' Higher Education guide.THES Ranking 2006 for world university brought University of Malaya